Para as Ciências da Computação e da Informação, uma ontologia permite a representação formal e compartilhada do significado e das relações entre entidades em um campo de conhecimento.

Para a arquitetura da Plataforma Aquarius, as entidades representam conceitos do sistema nacional de CT&I (SNCTI) de interesse à gestão estratégica (ex.: programas de fomento, bolsas, convênios, dispêndios, etc.).

A representação de entidades do SNCTI permite que dados operacionais oriundos de processos em CT&I sejam preparados para servir de insumos aos painéis de conhecimento (na dimensão G2G da Plataforma Aquarius) e dados abertos ofertados à sociedade.

Para produzir os padrões da Plataforma Aquarius, sua arquitetura vale-se da engenharia de ontologias, campo da engenharia do conhecimento que oferece metodologias, métodos e instrumentos para a construção de ontologias.

A produção dos padrões ontológicos da Plataforma Aquarius segue preceitos e referências do governo eletrônico brasileiro, conforme descrito na Seção Projeto e Parceiros .