A arquitetura da Plataforma Aquarius possui recursos de interoperabilidade para que possa receber e fornecer dados disponibilizados por organizações ligadas a CT&I ou ofertados à sociedade, respectivamente.

Para receber dados operacionais, a Plataforma Aquarius possui dispositivos metodológicos e instrumentais.

No plano metodológico, quando necessário, vale-se de acordos institucionais que permitem ao MCTI ter acesso a dados operacionais produzidos por outras organizações ligadas ao SNCTI. Esses acordos são mecanismos de governança que estabelecem conteúdo, periodicidade e formas de acesso aos dados operacionais.

No plano instrumental, a arquitetura da Plataforma Aquarius vale-se de diferentes recursos, incluindo o acesso a dados por meio de web services ou downloads de dados abertos.